Sissi se adapta lentamente a la vida como emperatriz de Austria pero le cuesta trabajo aprender el riguroso protocolo de la corte de Viena, a esto se le suma la difícil relación que mantiene con la todopoderosa y rígida Archiduquesa Sofía de Baviera. La archiduquesa Sofía se adhiere a las viejas reglas y constantemente interfiere con la forma en que el emperador gobierna el imperio y en lo que mas importa a Sissi: su vida familiar.
Un escándalo estalla y la relación de la pareja imperial peligra cuando Sissi abandona la corte imperial sin previo aviso y vuelve a Baviera, todo esto, tras el nacimiento de su primera hija, que fue llamada Sofía en honor a la archiduquesa. Cuando Sissi vuelve a palacio de una visita a un orfanato, se encuentra con la sorpresa de que su hija ha sido transferida a aposentos junto a los de la archiduquesa y alejada de ella. Frente a la negativa de Francisco, decide abandonar la corte.
Al llegar a Possenhofen, Isabel guarda en secreto su huida, hasta que el emperador va en su busqueda. Entonces los emperadores, cada uno por su parte, manifiestan que serán implacables con el otro, pero al verse no hacen más que besarse y pedirse perdón mutuamente. Comienza un romántico viaje por el Tirol.
Crece la influencia de Sissi, y ella comienza a abogar por la causa del Conde Gyula Andrássy con respecto a las libertades del pueblo Húngaro.
Es entonces cuando vuelven las tensiones entre Sissi y Sofía, Sissi planea abandonar el Palacio, Francisco le ruega que le acompañe a recibir a la delegación húngara, Sissi manifiesta que para ella eso no es importante y que su decición no cambiará,a pesar de eso (y cuando el emperador ha perdido las esperanzas), Isabel aparece en la recepción y los delegados le manifiestan su deseo de que fuese coronada junto a Francisco como reina de Hungría. Sissi Acepta.
Sólo la llegada de la Duquesa Ludovica pudo ablandar el corazón de Sofía, quien permite que las cosas de la pequeña Sofía retornen junto a su madre. Francisco le cuenta a Sissi que su madre ha aceptado dejar a su cargo el cuidado de Sofía y la pareja recupera algo de la felicidad de un principio.
La película concluye con la coronación de los emperadores como reyes de los Húngaros.
Esta película se caracteriza por mostrar una Sissi políticamente activa y comprometida con la causa húngara, a la vez que busca la libertad en una corte que no se lo permite.